Ян Пуркинье успешно окончил медицинский факультет Пражского университета в 1818 г. Блестяще защитил докторскую диссертацию и в период с 1882 по 1849 гг. занимал должность профессора физиологии в Бреславльском университете, а в 1850 г. - возглавил Карлов университет в Праге.

Ян Пуркинье на протяжении всей своей жизни изучал различные области медицины: физиологию и анатомию, эмбриологию и гистологию и др. Он впервые обнаружил наличие в человеческом глазу кровеносных сосудов (так называемая "сосудистая фигура Пуркинье"), заложил основу для создания теории центрального и периферического зрения у человека.
Также Пуркинье выявил существование нервных клеток в сером веществе спинного и головного мозга у позвоночных животных.

Огромный вклад внес Я. Пуркинье в развитие современной судебной медицины и такой ее отрасли как дактилоскопия: на протяжении многих лет он упорно занимался рассмотрением различных вариантов расположения кожных гребешков на окончаниях пальцев человеческой руки.

Также он является автором усовершенствования микроскопа. Я. Пуркинье состоял в почетных членах многих медицинских академий в разных странах мира (в том числе - Петербургской Медико-хирургической академии).

В настоящее время существует золотая медаль им. Я. Пуркинье, которую присваивают за выдающиеся заслуги в области медицины.