Всю свою жизнь посвятил лечению страждущих. Став профессором медицинского факультета, Мудров говорил своим ученикам: "Во врачебном искусстве нет врачей, окончивших свою науку. И чему бы ни учились вы на школьной скамье, основа врачебной деятельности - упражнения учащихся при постелях больных".

М. Я. Мудров впервые в России ввел систему заполнения истории болезни на каждого пациента. Он разработал алгоритм клинических исследований, которого придерживаются и в наши дни.

Еще одна заслуга перед медициной М. Я. Мудрова состоит в том, что он был первым врачом в России, который начал рассматривать человеческий организм как единый неделимый механизм.

Также М. Я. Мудрова можно смело назвать первым отечественным гигиенистом, поскольку он твердо стоял на позициях, что окружающая обстановка, чистота воздуха, соблюдение режима также влияют на исход заболевания, как и лекарственная терапия.
Особенно это утверждение относилось к действующей армии, в которой на тот момент царила полнейшая антисанитария.

М. Я. Мудров в значительной мере реформировал медицинское образование в России. Он был инициатором введения практических занятий для студентов-медиков, которые они были обязаны посещать в операционных и перевязочных.

М. Я. Мудров скончался в возрасте 55 лет, участвуя в ликвидации вспышки холеры в Петербурге.