Фермент содержится во всех частях растения за исключением корней. Неочищенный или частично очищенный папаин в прошлом был объектом многочисленных исследований. Однако, позднее было установлено, что сухой латекс дынного дерева, кроме папаина, содержит целый набор цистеиновых протеиназ, которые разделяются на три главные группы: собственно папаин, химопапаины А и В и пептидазы А и В.
В последние годы папаин и химопапаины были обнаружены также в латексе из вегетативных органов (листьев и черешков) дынного дерева.
В 1937 г. Болз и др. впервые получили кристаллический папаин, а в 1941 г. Янсен и Болз - кристаллический химопапаин.